复旦大学上海医学院设有本科专业10个：临床医学（八年制）、临床医学（五年制）、临床医学（六年制）、口腔医学、基础医学、法医学、预防医学、公共事业管理、药学、护理学。现有博士学位授予权的一级学科9个（医学门类6个，非医学门类3个），专业学位博士授权点3个，设有博士后科研流动站8个：生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、公共管理（医）、护理学。

复旦大学上海医学院拥有专任教师753人、专职科研人员206人，其中高级职称631人。有中国科学院院士10人，中国工程院院士5人。全院在校生12285人，其中博士研究生4208人（含港澳台生32人，留学生13人），硕士研究生3776人（含港澳台生33人，留学生38人），普通本科生4301人（含港澳台生83人，留学生228人）。