上海交通大学医学院位于创新求索、文化荟萃、包容并蓄的黄浦腹地，红墙映日、梧桐环绕。其前身是由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院（1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成的上海第二医学院，1985年更名为上海第二医科大学。1997年学校通过了“211工程”立项。2005年7月，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了新的由教育部、上海市政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。2010年11月，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。

医学院拥有深厚和优质的中法医学教育传统，中法合作办学已经成为医学院办学特色之一。医学院与法国医学院校的合作历史源远流长，自1911年上海交通大学院医学院前身——震旦大学医学院成立至今，医学院在与法国一流高校的教育合作方面不断发展，取得了显著的成绩，培养了800余名法语医学人才。2013年“上海交通大学与法国斯特拉斯堡大学合作举办的医学教育专业博士研究生教育项目”获得教育部正式立项，成为国内首个中外联合培养医学博士项目。2018年由上海交通大学医学院与法国巴黎笛卡尔大学、里昂第一大学、里尔大学、斯特拉斯堡大学、格勒诺布尔-阿尔卑大学等院校共同创建的“中法联合医学院”正式成立，全面开启医、教、研各领域的深层次合作，标志着医学院的中法医学合作揭开了新的篇章、迈向了新的高度。2021年，设立了医学检验技术法语班，通过“4年中国+1年法国”的理论学习和实验室实践模式，培养一批医学基础扎实、知识面广、既具有良好检验医学技能又具备一定科研能力的创新复合型检验医学人才。