1949年,中国人民解放军解放新疆的进军途中,第一兵团司令员王震指示创办了中国人民解放军第一兵团卫生学校(1978年发展为石河子医学院),成为石河子大学的前身。
学校广泛开展对外交流与合作,成立国际交流中心,在哈萨克斯坦建立孔子学院,在俄罗斯和哈萨克斯坦分别建立一所汉语中心。先后与美国、俄罗斯、哈萨克斯坦、新西兰、奥地利、日本等国家70余所大学和科研机构开展了多层次、宽领域的交流合作,先后有34个国家1350余人来校留学。